Yukie Nakama

Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?

Depois de muita procura, a repórter Akiko Miyaji finalmente consegue encontrar a menina Sadako, trinta anos após os acontecimentos do primeiro filme. Esperando encontrar uma menina de sangue frio e má, ela encontra uma frágil e que faz aulas de teatro em Tóquio.

Como resultado do conflito mais devastador de sua história, a pequena ilha de Shikotan se tornou parte da região do Oblast de Sacalina, no sudeste da Rússia. E neste canto remoto do mundo, a amizade entre duas crianças de dois países diferentes timidamente floresceu, superando as barreiras linguísticas e históricas.

É o ano de 1614, dois clãs de ninjas, o da terra de Koga e o de Iga. Ambos são inimigos, mas têm acordado em não entrar em guerra um com o outro. Os herdeiros dos líderes de ambas as vilas se apaixonam sem saber que um é inimigo do outro por causa das tradições dos clãs. Mas um trágico destino espera o casal, é lançada uma maldição sobre a existência das famílias que coloca as duas vilas uma contra a outra. Os melhores ninjas de Koga e Iga são escolhidos para lutar uns contra os outros e Gennosuke e Abora, o casal apaixonado, é colocado frente a frente como inimigos. Por séculos eles vivem guerras da escuridão, com estranhos poderes e habilidades, vivem somente para a batalha, eles são Shinobi.