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Em 2072 os problemas de energia da terra foram resolvidos através da descoberta de uma dimensão W, de onde eles podem tirar energia através de bobinas. Em uma de suas caçadas, um homem encarregado de prender contrabandistas de bobinas ilegalmente modificadas, acaba encontrando uma android movida a energia da dimensão W, que vai acabar se tornando sua parceira.

Este é um mundo de céus, onde muitas ilhas flutuam no céu. Um menino chamado Gran e um lagarto voado falante chamado Vyrn viviam em Zinkenstill, uma ilha que produz mistérios. Um dia, eles encontram uma garota chamada Lyria. Lyria havia escapado do Império Erste, um governo militar que está tentando governar este mundo usando poderosas proezas militares. Para escapar do Império, Gran e Lyria dirigem-se para o vasto céus, segurando a carta que o pai de Gran deixou para trás - que disse: "Estarei esperando em Estalucia, Ilha das Estrelas".

Certo dia, Takamiya Naho recebe uma carta escrita por ela mesma dez anos no futuro. A carta narra exatamente os eventos daquele dia, incluindo a transferência de um novo aluno para a turma dela chamado Naruse Kakeru. A Naho do futuro diz repetidamente que ela tem vários arrependimentos e quer consertar eles garantindo que Naho do passado tome as decisões certas, especialmente sobre Kakeru. O mais chocante é que ela descobre que daqui dez anos Kakeru não estará mais entre eles. A Naho do futuro pede que ela cuide dele com atenção.